

As Crianças Escolhidas estão em choque após a traição de Meicoomon, o monstro digital que se juntou ao grupo ao lado da sua parceira humana, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi está determinado a diagnosticar a infecção que tomou conta de Meicoomon. Takeru Takaishi percebe que o seu parceiro, Patamon, está a apresentar sintomas semelhantes aos de outros Digimon infectados, como Meicoomon. As Crianças Escolhidas recebem uma mensagem da misteriosa entidade Homeostasis, que as informa que o seu mundo está em perigo de destruição total, e o Mundo Digital, o lar dos Digimon, também. Homeostasis planeia realizar uma «Reinicialização», que irá redefinir todos os dados que compõem o Mundo Digital e erradicar a infecção. A Reinicialização também apagará as memórias de todos os Digimon, incluindo os parceiros das Crianças. Será que as Crianças Escolhidas conseguirão parar Meicoomon antes que a Reinicialização se torne necessária, ou será este o fim do seu tempo junto com os seus Digimon?

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